چندی پیش خبری با این مضمون در محافل سیاسی مطرح شد که بر اساس مصوبه جدید شورای عالی اداری سازمان حج و زیارت با حفظ شخصیت حقوقى مستقل خود به سازمان میراث فرهنگى، گردشگرى و صنایع دستى ملحق مى شود. با این همه امور فرهنگى، تبلیغى و سیاسى حج، کماکان از اختیارات حوزه نمایندگى ولى فقیه خواهد بود.گفته میشود که همان زمان و حتی پیش از علنی شدن این مسئله اقای خامنه ای مخالفت خود را با این موضوع به رییس جمهور ابراز داشت اما دولت بدون توجه به این موضوع بر این تصمیم پافشاری کرد پس از انتشار این خبر دولت نهم با واکنش های مختلفی رو به رو شد.
از جمله بیانیه ای که مجمع نمایندگان روحانی مجلس شورای اسلامی در ان اعلام کرد: "متاسفانه شنیده می شود که اخیرا سازمان حج و زیارت از وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی انتزاع و زیر پوشش سازمان گردشگری قرار گرفته که اقدامی غیر قابل قبول است و از عظمت حج می کاهد زیرا حج و زیارت از نظر محتوا و مفهوم با جهانگردی تفاوت فاحش دارد و این مصوبه، جایگاه حج و زیارت را تنزل می دهد و اقدامی برخلاف سیاست الهی آن است." اما دولت بدون توجه به تمام اظهار نظرات و بیانه ها هم چنان بر این تصمیم پا فشاری داشت تا اینکه دفتر مقام معظم رهبری طی نامه ای خطاب به نماینده ولی فقیه و سرپرست حجاج ایرانی نظر مقام معظم رهبری مبنی بر مخالفت با الحاق سازمان حج و زیارت به سازمان میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری را ابلاغ کرد.متن نامه دفتر مقام معظم رهبری خطاب به نماینده ولی فقیه به این شرح است:
جناب حجت الاسلام و المسلمین ری شهری دامت توفیقه نماینده محترم ولی فقیه و سرپرست حجاج ایرانی
سلام علیکم
مقام معظم رهبری خطاب به جنابعالی فرمودند:
جناب حجت الاسلام ری شهری دامت افاضاته
درباره جابجایی سازمان حج و زیارت به جناب آقای رئیس جمهور موکد تذکر داده شد که الحاق این سازمان به مجموعه گردشگری شایسته نیست، مقرر گشت وضعیت به شیوه سابق باقی بماند لذا مقتضی است جنابعالی برنامه های خود را طبق روال سابق ادامه دهید .
وزیر محترم فرهنگ و ارشاد اسلامی ورئیس محترم سازمان حج و زیارت در جریان امر قرار گیرند. مراتب برای اطلاع و اقدامات لازم ایفاد می گردد.
این نام حاوی چند نکته بود از جمله اینکه اقای خامنه ای مخاطب خود را ایت الله ری شهری قرار داده بود نه احمدی نژاد و دولت نهم و این بیانگر دلخوری شدید ایشان از احمدی نژاد و اقدام نسنجیده وی در ادغام سازمان حج وزیارت با سازمان گردشگری بود .
پس از این نامه دولت ابتدا دچار شوک شدیدی شد چرا که انتظار چنین برخورد قهر امیزی را از جانب رهبر عظیم الشان ایران نداشت بعد از انتشار این نامه سخنگوی دو لت پس از اعلام لغو این مصوبه اظهار داشت :این مصوبه از اول هم مبتنی بر رضایت مقام معظم رهبری بوده و تا کنون اجرایی نشده است . وی در حالی این اظهارات را عنوان کرد که دولت برای مصوبه ای که به گفته ی خودش حتی پیش شرطش هم حاصل نشده بود مسئول تعیین کرده بود.
نا گفته نماند که این اقدام هم به شدت مورد اعتراض قرار گرفت از جمله اینکه آيتالله ناصر مکارم شيرازي در آغاز درس خارج فقه خود با اشاره به موضوع ادغام سازمان حج و زيارت با سازمان ميراث فرهنگي و گردشگري اظهار داشت: اين اقدام يک حرکت نسنجيده است که حتي بدون هماهنگي با دفتر مقام معظم رهبري صورت گرفته است.
وي ادامه داد: حرکت بدتر از ادغام اين سازمانها اين است که رئيس سازمان ميراث فرهنگي
با آن سوابق روشن، رئيس سازمان حج و زيارت را تغيير داد که باعث تعجب همگان شد.

در پایان تحلیلگران این جریانات را از دو دیدگاه مورد بررسی قرار دادند که عبارتند از:
۱.دیدگاه اول : تمام این جریانات نوعی نمایش قدرت بود و دولت احمدی نژاد با پذیرش ریسک این عملیات انتحاری انهم در حالیکه بیش از چند هفته به انتخابات دوره دهم ریاست جمهوری باقی نمانده بود سعی داشت تا به دولت های احتمالی که در اینده روی کار خواهند امد نشان بدهد که هر گونه تعدی به حوزه اختیارات مقام معظم رهبری به برخورد جدی و قاطعانه شخص ایشان و صد البته سایر مسئولیین نظام منجر خواهد شد .
۲.دیدگاه دوم :تمام این جریانات نوعی جنگ قدرت بود میان حوزه ی اختیارات دولت و مقام رهبری که دولت سعی داشت با قرار دادن مقام معظم رهبری در مقابل عمل انجام شده بر سهم خود از قدرت بیافزاید که با برخورد خصمانه حضرت ایت الله خامنه ای و سایر مسئولین نظام نه تنها به این هدف دست نیافت بلکه به جایگاه خود نزد ایشان هم لطمه وارد کرد.
با تمام این تفاصیل نباید سهم سرمایه ی هنگفتی را که این ادغام روانه ی خزانه ی غارت زده ی دولت میکرد نادیده بگیریم چرا که دولت برای توفیق بیشتر در انتخابات ریاست جمهوری به شدت نیاز به چنین تزریق مالی عظیمی داشت گرچه این اقدام نسنجیده دولت نیز مانند سایر اقداماتش با شکست مواجه شد گر چه رسانه ملی با پوشش کتمان وار سعی در بی اهمیت جلوه دادن این دست اندازی دولت به حوزه ی قدرت رهبری بود اما این خبر در رسانه های بین المللی بازتاب وسیعی داشت .